為提升香港的貨物清關效率，助業界節省時間和成本，香港特區政府已推出貿易單一窗口第二階段服務，以一站式電子平臺作報關及貨物清關之用。貿易單一窗口第二階段服務，共涵蓋共涵蓋28類貿易文件，于2023年起分批推出，供業界自愿使用，業界在一站式電子平臺提交企業對政府的貿易文件，作報關及貨物清關之用。首批14類文件包括瀕危物種進出口或再出口許可證等，即日起可使用單一窗口提交。

其中涵蓋的28類貿易文件如下：

一、漁農自然護理署：

1. 瀕危物種出口／再出口許可證；

2. 瀕危物種進口許可證；

3. 內地進口哺乳類動物及進口動物產品許可證；

4. 非《瀕危野生動植物種國際貿易公約》或尚未受《保護瀕危動植物物種 條例》 (第 586 章 )管制的物種再出口證明書 ；

5. 海外進口動物及禽鳥特別許可證；

6. 海外進口貓狗特別許可證；

7. 海外進口食用／寵物用爬蟲類動物特別許可證；

食物環境 衛生署：

8. 食物檢查證書；

9. 動物制食品衛生證書；

10. 冷藏／冰鮮肉類或家禽進口許可證；

11. 進口奶類、忌廉、奶類飲品及冰凍甜 點準許；

12. 蛋類進口準許；

13. 進口野味、肉類及家禽準許 ；

14. 肉類／家禽進口準許 (適用于轉口 ) ；

其它文件：

二、漁農自然護理署：

1. 植物進口證；

三、香港海關：

2. 跨境運送貨幣及不記名可轉讓票據 (現金類物品 )申報表 ；

3. 應課稅品進出口陳述書；

四、衛生署：

4. 危險藥物轉運許可證 ；

5. 放射性物質及輻照儀器進口許可證 ；

6. 危險藥物進／出口許可證及進口證明 書 ；

7. 藥劑制品及藥物進／出口許可證 ；

8. 中藥材進／出口許可證；

9. 中成藥進／出口許可證 ；

10. 生物物質進口／轉口許可證；

11. 危險藥物移走許可證；

五、工業貿易署：

12. 食米進／出口許可證 ；

13. 金伯利證書 ；

14. 戰略物品進出口許可證。